El Padre Juan suponía una propaganda del librepensamiento y Acuña no encontró ningún empresario que estuviera dispuesto a correr el riesgo de estrenar la obra en Madrid. Se ve obligada a formar una modesta compañía, y ella misma ensaya y dirige a los actores e incluso traza y corta los trajes. Alquila el teatro de la Alhambra al conde de Michelena y tras solicitar el oportuno permiso estrena la obra el 3 de abril de 1891. A pesar de tener ese día de su parte a un gran sector del público, la dureza del tema hace que estalle el escándalo y esa misma noche una orden verbal del Gobernador prohibe las representaciones. Rápidamente se agotan los dos mil ejemplares de la edición impresa e igual sucede con la segunda, en la que suaviza alguna expresión.